В данном элементе нет необходимости. Если бы его ввели, то вводили бы в самом начале. Реализация перков через командира корабля - гораздо легче, а суть та же. Банально - экономия денег при реализации проекта. Если проект развернется, то, может быть, года через 3, как отдельный элемент настройки корабля, со своими перками, а возможно и активными перками, в зависимости от компановки экипажа.
Но на данный момент ответ однозначен - механика экипажа полностью реализуема через командира корабля.